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Text File  |  1995-03-04  |  2.6 KB  |  51 lines
  1. ********************************************
  2. * Bacterial export FHIPEP family signature *
  3. ********************************************
  4.  
  5. A number  of bacterial proteins which seem to be involved in the translocation
  6. of specific  proteins  across  the  bacterial  cell  membrane  by  a  distinct
  7. secretory mechanism that does not require the cleavage of a signal peptide are
  8. evolutionary related and belong to a family [1,2,3] that currently consist of:
  9.  
  10.  - flhA from Bacillus subtilis, which  is  involved in the export of flagellar
  11.    proteins.
  12.  - flbF from Caulobacter crescentus, whose exact function is not yet clear.
  13.  - hrpI from Erwinia amylovora which is necessary for the secretion of harpin,
  14.    a proteinaceous elecitor  of  the  hypersensitive response (HR) in the host
  15.    of this plant-pathogen.
  16.  - hrpC2 from Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, also involved in HR.
  17.  - hrpI  from  Pseudomonas  syringae,  also involved in HR and probably in the
  18.    secretion of harpin-Pss.
  19.  - hrpO from Burkholderia solanacearum, also involved in HR.
  20.  - invA   from   Salmonella   typhimurium, which  could  be  involved  in  the
  21.    translocation of  the  invE protein necessary for the invasion of the cells
  22.    of the intestinal epithelium.
  23.  - lcrD  from  Yersinia  enterocolitica and pestis, which could be involved in
  24.    the secretion of the Yop virulence proteins.
  25.  - mxiA  from  Shigella flexneri which is involved in the secretion of the Ipa
  26.    invasins  which  are  necessary  for  penetration  of intestinal epithelial
  27.    cells.
  28.  
  29. These proteins have all about 700 amino acid residues.  The N-terminal half is
  30. highly conserved  and  seems  to  contain 6 to 8 transmembrane domains. The C-
  31. terminal half  is  less  conserved  and  seems  to  be devoid of transmembrane
  32. domains. It  is  possible  that these proteins serve a pores for the export of
  33. specific proteins.  We call  this family FHIPEP, which stands for Flagella/Hr/
  34. Invasion Proteins Export Pore.
  35.  
  36. As a  signature  pattern  we  selected  the  best  conserved  region, a highly
  37. conserved hydrophilic domain between two transmembranes regions.
  38.  
  39. -Consensus pattern: R-[LIVM]-[GSA]-E-V-[GSA]-A-R-F-[ST]-L-D-[GSA]-M-P-G-K-Q-M-
  40.                     [GSA]-I-D-[GSA]-D
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43. -Last update: June 1994 / First entry.
  44.  
  45. [ 1] Wei Z.-M., Beer S.V.
  46.      J. Bacteriol. 175:7958-7967(1993).
  47. [ 2] Gough C.L., Genin S., Lopes V., Boucher C.A.
  48.      Mol. Gen. Genet. 239:378-392(1993).
  49. [ 3] Carpenter P.B., Ordal G.W.
  50.      Mol. Microbiol. 7:735-743(1993).
  51.